UMR 1136 - Interactions Arbres/Micro-organismes (IaM)

L'UMR IaM développe une large gamme d'approches complémentaires afin d'explorer la génétique, la physiologie et l'écologie des arbres forestiers et des micro-organismes associés, champignons symbiotiques, agents pathogènes et bactéries rhizosphériques.
Les principaux savoir-faire de l'unité sont : microbiologie, mycologie, bactériologie, ;microscopie, physiologie, métabolisme, biochimie analytique, séquençage, génomique fonctionnelle, typage moléculaire de micro-organismes, spectrométrie de masse, cartographie génétique.

Les thèmes de recherche de l'unité sont :

1. Écologie, Microbiologie et Pathologie forestière
Ces recherches visent à :

  • étudier la structuration génétique et l'épidémiologie des populations de champignons pathogènes, saprophytes et ectomycorhiziens,
  • décrire l'impact de ces champignons sur le fonctionnement de l'écosystème (cycles biogéochimiques, croissance des arbres, qualité du sol), via leur activité pathogène ou leur action trophique,
  • fournir des bases scientifiques pour améliorer la stabilité des peuplements par voie de résistance génétique aux agents pathogènes.

2. Interactions microbiennes dans la rhizosphère.
Ces recherches consistent à :

  • analyser la diversité génétique et fonctionnelle des communautés bactériennes associées à la symbiose mycorhizienne
  • caractériser les mécanismes qui gouvernent les interactions entre communautés bactériennes et fongiques de larhizosphère, tout en veillant à replacer ces connaissances dans leur contexte écologique.

3. Approches cellulaires et moléculaires des interactions arbre-champignons.
Il s'agit :

  • d'identifier les signaux rhizosphériques, les protéines et les gènes contrôlant la formation de la symbiose ectomycorhizienne et les structures d'infection de la Rouille foliaire du Peuplier,
  • de décrire les processus métaboliques qui interviennent dans l'absorption, l'assimilation et le transport de l'azote et du carbone entre les partenaires de l'association ectomycorhizienne,
  • de caractériser les gènes et protéines impliqués dans la signalisation redox
  • d'étudier la structure et l'expression des génomes des espèces modèles : le Peuplier et le basidiomycète ectomycorhizien Laccaria bicolor.

4. La mycorhization contrôlée et les actions finalisées.
Cette dernière action comporte deux volets principaux : la maîtrise de la mycorhization contrôlée dans le cadre d'une sylviculture raisonnée et la mise au point de nouvelles molécules limitant la dégradation du bois par les champignons saprophytes.