Vous trouverez ci-dessous les offres de stages et d’emploi qui nous sont transmises directement par nos partenaires.

Elles s’adressent aux étudiants et diplômés (de niveau master au minimum) des écoles membres d’Agreenium.

INRAE - Colmar - Stage M2 Ingénieur de 6 mois (H/F)

                                                                                                                                                                                                                Mise en ligne le 26/06/2020

Missions : Evaluation de la résilience de 4 formes d’agriculture en grandes cultures en Grand Est

Les exploitations agricoles en grande culture dans la région Grand Est subissent des perturbations climatiques et économiques répétées et qui tendent à s’intensifier sous les changements climatiques. 4 formes d’agriculture (Therond et al., 2017) en grandes cultures ont été distinguées dans le cadre du travail de thèse de Manon Dardonville. Elles sont distinguées en fonction du rôle et du poids des intrants anthropiques (pesticides, carburant, fertilisants, irrigations) et/ou des services écosystémiques dans le processus de production agricole (Duru et al., 2015). Une question clef maintenant est d’estimer dans quelle mesure ces formes d’agriculture présentent une résilience différente aux perturbations qui leurs sont exogènes

La connaissance des propriétés d’un système résilient aux perturbations permettrait aux acteurs du monde agricole d’accompagner les agriculteurs vers des formes d’agriculture moins vulnérables. 

Peu d’évaluations de la résilience des systèmes agricoles sont réalisées via l’utilisation de méthodes quantitatives d’estimation de la dynamique des performances de ces systèmes. L’objectif du stage est d’appliquer une méthode quantitative d’évaluation pour évaluer la résilience des différentes formes d’agriculture de grandes cultures du Grand Est identifiées par Manon Dardonville. 

Pour cela, il faudra: 

- caractériser les perturbations climatiques et économiques des années passées via l’utilisation d’indicateurs appropriés ; 

- mettre en œuvre une (ou plusieurs méthodes) d’évaluation telles que : 

    o La régression linéaire à effets mixtes développée par Martin et al. (2017) et appliquée dans Bouttes et al. (2018); Perrin et al. (2020), 

    o Les random forest combinées avec des critères de dynamique (variabilité, tendance) (à développer),

    o L’identification des déviants positifs par la décomposition de la RMSE des séries temporelles (en cours de développement).

- appliquer la méthode pour estimer la résilience des formes d’agriculture aux perturbations et identifier les facteurs explicatifs de celle-ci. 

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Missions : Ingénieur.en en modélisation des cultures : couplage de modèles et simulation intensive  (F/H)

Rattaché.e à l'Unité Propre de Recherche « Agroécologie et Intensification Durable des cultures Annuelles » (UPR AIDA), vous interagirez avec une équipe internationale et multidisciplinaire. La mission s'inscrit principalement dans le cadre de la contribution de l'unité au projet ARISE (Agriculture Resilience, Inclusive, and Sustainable Enterprise). Contribution qui consiste à articuler ensemble des simulations effectuées conjointement par plusieurs modèles de cultures alimentés par des bases de données sur les milieux biophysiques (sol, climat). 

 Les recherches et les tâches techniques effectuées impliqueront de fortes interactions avec une équipe de recherche de l'Université d'Utrecht, Pays-Bas, afin de coupler les modèles de culture avec un modèle hydrologique. De plus, vous travaillerez en étroite collaboration avec une équipe de l'Imperial College, London (Département Informatique) afin de garantir l'intégration de modèles de cultures dans une plate-forme informatique haute performance. Ces collaborations impliquent une bonne capacité de travail à distance, même si des déplacements à Utrecht et à Londres seront nécessaires au début des travaux. 

 Vous collaborerez étroitement avec les différentes équipes, ainsi qu'avec chef de projet ARISE au sein du CIRAD, afin de : 

- Achever le développement d'un environnement de jeu de données permettant à chaque modèle de culture d'être exécuté avec des jeux de données maillés - par exemple : comprenant toutes les données de sol nécessaires, les coefficients génétiques par espèce de culture (maïs, blé, etc.) et par variété de culture (période de croissance courte ou longue, tolérance à la sécheresse). Il s'agira d'utiliser le Visual Basic, et les bases de données MSAccess. 

 - Développer et mettre en œuvre une routine de calibration de modèle permettant l'exécution de chaque modèle de culture de manière flexible 

 - Intégrer les résultats pertinents d'un modèle hydrologique maillé en tant qu'entrées de modèle de culture et fournir les variables de sortie optimales à partir des modèles de culture pour un couplage complet avec le modèle hydrologique. 

 L'ensemble de la chaine de calcul devra être développé d'abord sur un environnement Windows, puis les modèles et leur environnement de données immédiat devront être migrés vers un super calculateur (HPC-High-Performance Computer).

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Missions : Chercheur.e en épidémiologie, spécialiste de la modélisation spatio-temporelle  (F/H)

Le chercheur en épidémiologie, spécialiste de la modélisation aura pour mission de développer des modèles dynamiques spatialement explicites, à l'échelle parcelle et paysage pour des bioagresseurs des cultures tropicales. Les modèles doivent être plus intégratifs que les modèles actuels pour améliorer la capacité prédictive des modèles sur plusieurs années. Ceci est particulièrement important pour appréhender les effets du changement climatique. Ce poste vise à appréhender les questions de recherche suivantes : 

- Comment intégrer dans les modèles de dynamiques épidémiologiques des facteurs spatiaux dans un environnement évolutif afin de comprendre leurs effets ? 

- Comment optimiser l'allocation des moyens pour la surveillance et la gestion ? 

Les questions de recherches identifiées font appel à des méthodes de modélisation de type bayésien permettant d'intégrer dans un même cadre mathématique des données de nature, de résolution spatio-temporelle et de sources différentes. 

 Le chercheur sera intégré dans une équipe pluridisciplinaire au sein du pôle PRISM de l'UMR PHIM (Plant Health Institute Montpellier). Le pôle PRISM développe des approches statistiques et mathématiques basées en grande partie sur des observations de terrain, permettant d'identifier les interactions les plus importantes entre les micro ou macro organismes (pathogènes, insectes ravageurs, vecteurs et pollinisateurs), leur plante hôte et leur environnement et de prédire la dynamique temporelle des dégâts. Ces recherches ont pour objectif de mieux évaluer les risques, optimiser la surveillance et les moyens de contrôle des bio-agresseurs. Le chercheur sera amené à développer des modèles statistiques et outils méthodologiques permettant d'intégrer les connaissances en dynamique des populations, écologie spatiale et fonctionnement des écosystèmes acquises par l'unité. Il publiera à la fois dans des revues méthodologiques (épidémiologie, bayésien) et dans des revues thématiques. 

 Pour commencer, le chercheur sera impliqué dans le projet Européen « COCOA4FUTURE ». Le chercheur sera en charge de construire un modèle permettant de comprendre et simuler la dynamique spatio-temporelle de la cochenille vectrice du CSSV (Cocoa Swollen Shoot Virus disease, un virus affectant le cacaoyer). Le modèle prendra en compte des facteurs climatiques, la structure et composition des parcelles et de leurs environnements pour étudier entre autres les effets barrières. Ces activités seront développées en étroite collaboration avec des collègues entomologistes et virologistes de PHIM inclus dans le projet et des partenaires africains. Des moyens (missions, co-encadrement de doctorant) sont prévus dans le cadre de ce projet. 

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Missions : Chercheur.e en modélisation des transferts et réactions dans les milieux alimentaires (F/H)

Les matières premières alimentaires sont riches en  composés d'intérêt organoleptiques et/ou nutritionnels et/ou antinutritionnels. Les transferts de chaleur et de composés ainsi que leurs transformations dépendent des conditions du milieu. La modélisation des transferts, déformation et réactions se produisant dans les produits alimentaires au cours des opérations unitaires d'un procédé de transformation est au cœur de la démarche de l'Unité Mixte de Recherche "Démarche intégrée pour l'obtention d'aliments de qualité", en vue de comprendre, concevoir et optimiser ces opérations et procédés de transformation. Pour renforcer ses compétences sur ce thème, le Cirad recrute un.e chercheur.e spécialiste de la modélisation des transferts, déformation et réactions en vue de contribuer à développer des aliments tropicaux de qualité.

Vos questions de recherche visent à une meilleure maîtrise des opérations unitaires des procédés de transformation en lien avec une maîtrise de la qualité (organoleptique et nutritionnelle) des produits par le développement de modèles intégrant à la fois les aspects de transfert-déformation-réaction au cours des procédés.

Vous aurez comme objectif d'optimiser et de développer des modèles de connaissances et de simulation des processus de transfert, déformation & réactions dans des matrices alimentaires tropicales soumises à des procédés (trempage, germination, cuisson, ...).

Vous intégrerez dans le développement de modèles la compartimentation tissulaire-cellulaire de l'aliment, l'évolution de sa structure et sa déformation, ainsi que les différentes cinétiques de transfert de métabolites afin de proposer des modèles pertinents intégrant différentes échelles.

Vous développerez ainsi une approche mécanistique alliant transferts, réactions et déformation et les interactions entre ces mécanismes par une modélisation muti-échelle et multi-réponse pour simuler au mieux le procédé de transformation et l'optimiser.

Vous vous appuierez sur les outils et infrastructures de l'UMR et contribuerez, en lien avec vos collègues, à la mise en place d'expérimentations.

Vous travaillerez à l'interface du génie des procédés et de la biochimie, en interaction forte avec les chercheur.e.s de l'équipe, mais également avec les chercheur.e.s de l'unité spécialistes de la structure ou la composition de l'aliment.

Vous intégrerez rapidement des projets en cours et vous contribuerez à l'encadrement de stagiaires et de doctorant.e.s. Vous contribuerez également au montage de nouveaux projets de recherche et d'expertise.

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