CIRAD - Montpellier - CDI
Mise en ligne le 24/08/2020
Missions : Chercheur.e bactériologiste spécialisé.e en génomique comparative et fonctionnelle (F/H)
Vous serez recruté au sein de l'UMR CIRAD-INRAE, ASTRE « Animal, Santé, Territoires, Risques, Ecosystèmes » du CIRAD, dont l'objectif est l'amélioration de la santé animale et de la santé publique vétérinaire au Sud en mettant en œuvre des approches intégrées, intersectorielles et interdisciplinaires (microbiologie, épidémiologie, sciences humaines et sociales). Il/elle intégrera le Collectif Microbiologie de Montpellier (CMM), composé d'une quarantaine de chercheurs, ingénieurs et techniciens. Plus concrètement, vous intégrerez le Laboratoire de Référence OIE/FAO pour la péripneumonie contagieuse bovine (PPCB), la pleuropneumonie contagieuse caprine (PPCC) et l'agalaxie contagieuse des petits ruminants (AC), maladies causées par des bactéries du genre Mycoplasma. Le mandat du Laboratoire est de mener des recherches scientifiques et techniques visant à développer des outils de diagnostic, de surveillance et contrôle et de réaliser des activités d'expertise et de formation.
Vous mènerez principalement des recherches sur les mycoplasmoses des ruminants dans le but d'améliorer la surveillance et le contrôle de la PPCB, la PPCC et l'AC, dans un contexte d'utilisation massive d'antibiotiques. Ses recherches viseront à :
- Analyser la diversité de souches de mycoplasmes circulantes, leur origine et évolution (épidémiologie moléculaire, phylogéographie, évolution génétique de souches vaccinales), ainsi que l'émergence de la résistance aux antibiotiques sous la pression des traitements systématiques.
- Identifier les mécanismes de virulence et d'atténuation des mycoplasmes pathogènes, ainsi que les réponses de l'hôte à l'infection et à la vaccination (comparaison des souches virulentes et atténuées par des approches « omics », caractérisation de mutants par l'étude des interactions hôte-pathogène). Pour ce faire, il produira de mutants issus des procédés de biologie synthétique, les analysera par des études d'interaction hôte-pathogène et les évaluera expérimentalement comme nouveaux vaccins.
- Développer et valider des nouveaux outils de diagnostic (qPCRs ciblées, tests multi-pathogènes, sans a priori).
- Développer et valider des outils de contrôle innovants (vaccins marqués DIVA, vaccins multivalents) et adaptés au contexte d'émergence de résistance aux antibiotiques.
Pour mener ces recherches, vous travaillerez en interaction étroite avec une chercheuse spécialiste des mycoplasmoses de ruminants, ainsi qu'avec les techniciens/ingénieurs, bioinformaticiens, immunologistes du CMM et, plus largement, avec les chercheurs en épidémiologie et sciences sociales.
Vous monterez et coordonnerez des projets de recherche, participerez à la création et animation de réseaux internationaux et encadrerez des stagiaires et des doctorants.
Vous participerez aux activités de référence menées par le laboratoire: notamment au diagnostic PPCC/PPCB sous accréditation ISO17025, ainsi qu'à la formation pour le transfert de compétences vers les pays du Sud
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