Vous trouverez ci-dessous les offres de stages et d’emploi qui nous sont transmises directement par nos partenaires.

Elles s’adressent aux étudiants et diplômés (de niveau master au minimum) des écoles membres d’Agreenium.

INRAE - Colmar - Stage M2 Ingénieur de 6 mois (H/F)

                                                                                                                                                                                                                Mise en ligne le 26/06/2020

Missions : Evaluation de la résilience de 4 formes d’agriculture en grandes cultures en Grand Est

Les exploitations agricoles en grande culture dans la région Grand Est subissent des perturbations climatiques et économiques répétées et qui tendent à s’intensifier sous les changements climatiques. 4 formes d’agriculture (Therond et al., 2017) en grandes cultures ont été distinguées dans le cadre du travail de thèse de Manon Dardonville. Elles sont distinguées en fonction du rôle et du poids des intrants anthropiques (pesticides, carburant, fertilisants, irrigations) et/ou des services écosystémiques dans le processus de production agricole (Duru et al., 2015). Une question clef maintenant est d’estimer dans quelle mesure ces formes d’agriculture présentent une résilience différente aux perturbations qui leurs sont exogènes

La connaissance des propriétés d’un système résilient aux perturbations permettrait aux acteurs du monde agricole d’accompagner les agriculteurs vers des formes d’agriculture moins vulnérables. 

Peu d’évaluations de la résilience des systèmes agricoles sont réalisées via l’utilisation de méthodes quantitatives d’estimation de la dynamique des performances de ces systèmes. L’objectif du stage est d’appliquer une méthode quantitative d’évaluation pour évaluer la résilience des différentes formes d’agriculture de grandes cultures du Grand Est identifiées par Manon Dardonville. 

Pour cela, il faudra: 

- caractériser les perturbations climatiques et économiques des années passées via l’utilisation d’indicateurs appropriés ; 

- mettre en œuvre une (ou plusieurs méthodes) d’évaluation telles que : 

    o La régression linéaire à effets mixtes développée par Martin et al. (2017) et appliquée dans Bouttes et al. (2018); Perrin et al. (2020), 

    o Les random forest combinées avec des critères de dynamique (variabilité, tendance) (à développer),

    o L’identification des déviants positifs par la décomposition de la RMSE des séries temporelles (en cours de développement).

- appliquer la méthode pour estimer la résilience des formes d’agriculture aux perturbations et identifier les facteurs explicatifs de celle-ci. 

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L'intensification des systèmes agricoles par le recyclage des déchets organiques est un enjeu majeur pour augmenter la production alimentaire mondiale tout en préservant l'environnement et en valorisant le gisement de déchets issus de l'augmentation de la population urbanisée. Cependant, les performances agro-environnementales des pratiques de recyclage agricole dépendent fortement de la qualité des déchets organiques et donc des procédés utilisés pour leur traitement tels que le compostage et la méthanisation. 

L'étude de ces procédés est à renforcer dans les terrains au Sud, en raison de la spécificité des déchets organiques, des territoires et des conditions de mises en œuvre de ces procédés. En effet, la composition chimique des déchets organiques bruts n'est jamais en adéquation avec les besoins agronomiques et agricoles. Or, la modélisation des transformations de ces déchets organiques permet de prédire le devenir des substances contenues dans les déchets organiques au cours de leur traitement. 

Cela constitue un élément clé pour les démarches de co-conception de solutions optimales de recyclage agricole de déchets organiques que notre unité de recherche met en œuvre.

Domaine : Science - Sciences de l'environnement

Type de contrat : CDI

Intitulé : Chercheur.e en modélisation des transformations des résidus organiques F/H

Date de début : 01/02/2021

La personne recrutée assurera, en collaboration avec son homologue de l’Anses : 

• La veille en continue des signaux non officiels et officiels ; 

• L’appui aux experts pour la rédaction des différentes productions de veille (bulletin hebdomadaire de veille sanitaire internationale en santé animale, notes bilan, brève…) ; 

• La diffusion ad hoc des productions précitées notamment via le site internet de la Plateforme ESA ou tout autre média adapté ; 

• L’organisation et l’animation des réunions du comité de rédaction et du groupe de suivi de la VSI (GS-VSI) ; • La proposition de pistes d’amélioration 

• La mise en œuvre des pistes d’amélioration identifiées par le groupe de suivi VSI ; • Le développement et la mise à jour des procédures de VSI ainsi que de la base de données des experts thématiques (Laboratoires nationaux de référence) et géographiques afin de garantir une pérennité et continuité des missions de VSI ; 

• L’animation du réseau des experts nationaux et internationaux ; 

• Des prestations ponctuelles visant un retour d’information vers les experts de la VSI : production de cartes, tableaux et indicateurs ; 

• Un suivi des nouvelles méthodologies de veille pouvant améliorer l’efficience des activités de veille sanitaire de la Plateforme. Elle pourra être associée, au besoin, au développement d’outils innovants en intelligence épidémique : extraction de données, analyses statistiques, cartographie…

Domaine : Science - Sciences économiques et de gestion

Type de contrat : CDD de 12 mois 

Intitulé : Epidémiologiste chargé.e de la Veille Sanitaire Internationale

Date de début : 01/11/2020

Vous développerez des recherches sur l'évaluation des chaînes de valeur liées aux productions animales dans les pays du Sud. Ces travaux porteront principalement sur les chaines de valeur lait et viande. Vous contribuerez à l'émergence d'une nouvelle génération d'outils intégratifs, destinés à évaluer l'impact des chaînes de valeur sur les différentes dimensions du développement durable. Ces outils s'appuieront sur des méthodes quantitatives d'évaluation multi-critère et s'intégreront dans des démarches d'accompagnement et de prospective.

Domaine : Science - Sciences économiques et de gestion

Type de contrat : CDI 

Intitulé : Économiste de l'évaluation des chaînes de valeur agricoles appliquée au secteur élevage F/H

Date de début : 01/12/2020

L'ingénieur chargé d'opérations de travaux travaillera au sein de l'équipe infrastructures de la Direction Technique des Aménagements et de la Maintenance et sera sous l'autorité hiérarchique directe du responsable de pôle. Il conduit la mise en œuvre des opérations d'aménagement, de rénovation, d'adaptation, de mise en conformité en lien avec les agents et autres services du Cirad. Cette mission s'inscrit dans le Schéma Pluriannuel de Stratégie Immobilière du Cirad.

Domaine : Appui - Gestion technique et patrimoniale

Type de contrat : CDI 

Intitulé : Ingénieur.e étude et travaux F/H

Date de début : 02/01/2021

Chercheur.e spécialisé.e en analyses de réseaux d'interactions microbiennes aura pour mission de caractériser les interactions au sein des communautés virales et microbiennes associées aux plantes (microbiote des plantes). L'objectif à moyen terme de ses travaux sera de mieux comprendre le rôle du microbiote des plantes dans la santé végétale et plus largement dans le fonctionnement des agro-écosystèmes.

Domaine : Science - Sciences écologiques 

Type de contrat : CDI 

Intitulé : Ecologue spécialiste des réseaux d'interactions microbiennes F/H 

Date de début : 01/12/2020 

Missions : Chercheur.e bactériologiste spécialisé.e en génomique comparative et fonctionnelle  (F/H)

Vous serez recruté au sein de l'UMR CIRAD-INRAE, ASTRE « Animal, Santé, Territoires, Risques, Ecosystèmes » du CIRAD, dont l'objectif est l'amélioration de la santé animale et de la santé publique vétérinaire au Sud en mettant en œuvre des approches intégrées, intersectorielles et interdisciplinaires (microbiologie, épidémiologie, sciences humaines et sociales). Il/elle intégrera le Collectif Microbiologie de Montpellier (CMM), composé d'une quarantaine de chercheurs, ingénieurs et techniciens. Plus concrètement, vous intégrerez le Laboratoire de Référence OIE/FAO pour la péripneumonie contagieuse bovine (PPCB), la pleuropneumonie contagieuse caprine (PPCC) et l'agalaxie contagieuse des petits ruminants (AC), maladies causées par des bactéries du genre Mycoplasma. Le mandat du Laboratoire est de mener des recherches scientifiques et techniques visant à développer des outils de diagnostic, de surveillance et contrôle et de réaliser des activités d'expertise et de formation.

Vous mènerez principalement des recherches sur les mycoplasmoses des ruminants dans le but d'améliorer la surveillance et le contrôle de la PPCB, la PPCC et l'AC, dans un contexte d'utilisation massive d'antibiotiques. Ses recherches viseront à : 

- Analyser la diversité de souches de mycoplasmes circulantes, leur origine et évolution (épidémiologie moléculaire, phylogéographie, évolution génétique de souches vaccinales), ainsi que l'émergence de la résistance aux antibiotiques sous la pression des traitements systématiques.

- Identifier les mécanismes de virulence et d'atténuation des mycoplasmes pathogènes, ainsi que les réponses de l'hôte à l'infection et à la vaccination (comparaison des souches virulentes et atténuées par des approches « omics », caractérisation de mutants par l'étude des interactions hôte-pathogène). Pour ce faire, il produira de mutants issus des procédés de biologie synthétique, les analysera par des études d'interaction hôte-pathogène et les évaluera expérimentalement comme nouveaux vaccins. 

- Développer et valider des nouveaux outils de diagnostic (qPCRs ciblées, tests multi-pathogènes, sans a priori).

- Développer et valider des outils de contrôle innovants (vaccins marqués DIVA, vaccins multivalents) et adaptés au contexte d'émergence de résistance aux antibiotiques.

Pour mener ces recherches, vous travaillerez en interaction étroite avec une chercheuse spécialiste des mycoplasmoses de ruminants, ainsi qu'avec les techniciens/ingénieurs, bioinformaticiens, immunologistes du CMM et, plus largement, avec les chercheurs en épidémiologie et sciences sociales. Vous monterez et coordonnerez des projets de recherche, participerez à la création et animation de réseaux internationaux et encadrerez des stagiaires et des doctorants. Vous participerez aux activités de référence menées par le laboratoire: notamment au diagnostic PPCC/PPCB sous accréditation ISO17025, ainsi qu'à la formation pour le transfert de compétences vers les pays du Sud  

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Missions : Ingénieur.en en modélisation des cultures : couplage de modèles et simulation intensive  (F/H)

Rattaché.e à l'Unité Propre de Recherche « Agroécologie et Intensification Durable des cultures Annuelles » (UPR AIDA), vous interagirez avec une équipe internationale et multidisciplinaire. La mission s'inscrit principalement dans le cadre de la contribution de l'unité au projet ARISE (Agriculture Resilience, Inclusive, and Sustainable Enterprise). Contribution qui consiste à articuler ensemble des simulations effectuées conjointement par plusieurs modèles de cultures alimentés par des bases de données sur les milieux biophysiques (sol, climat). 

 Les recherches et les tâches techniques effectuées impliqueront de fortes interactions avec une équipe de recherche de l'Université d'Utrecht, Pays-Bas, afin de coupler les modèles de culture avec un modèle hydrologique. De plus, vous travaillerez en étroite collaboration avec une équipe de l'Imperial College, London (Département Informatique) afin de garantir l'intégration de modèles de cultures dans une plate-forme informatique haute performance. Ces collaborations impliquent une bonne capacité de travail à distance, même si des déplacements à Utrecht et à Londres seront nécessaires au début des travaux. 

 Vous collaborerez étroitement avec les différentes équipes, ainsi qu'avec chef de projet ARISE au sein du CIRAD, afin de : 

- Achever le développement d'un environnement de jeu de données permettant à chaque modèle de culture d'être exécuté avec des jeux de données maillés - par exemple : comprenant toutes les données de sol nécessaires, les coefficients génétiques par espèce de culture (maïs, blé, etc.) et par variété de culture (période de croissance courte ou longue, tolérance à la sécheresse). Il s'agira d'utiliser le Visual Basic, et les bases de données MSAccess. 

 - Développer et mettre en œuvre une routine de calibration de modèle permettant l'exécution de chaque modèle de culture de manière flexible 

 - Intégrer les résultats pertinents d'un modèle hydrologique maillé en tant qu'entrées de modèle de culture et fournir les variables de sortie optimales à partir des modèles de culture pour un couplage complet avec le modèle hydrologique. 

 L'ensemble de la chaine de calcul devra être développé d'abord sur un environnement Windows, puis les modèles et leur environnement de données immédiat devront être migrés vers un super calculateur (HPC-High-Performance Computer).

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Missions : Chercheur.e en épidémiologie, spécialiste de la modélisation spatio-temporelle  (F/H)

Le chercheur en épidémiologie, spécialiste de la modélisation aura pour mission de développer des modèles dynamiques spatialement explicites, à l'échelle parcelle et paysage pour des bioagresseurs des cultures tropicales. Les modèles doivent être plus intégratifs que les modèles actuels pour améliorer la capacité prédictive des modèles sur plusieurs années. Ceci est particulièrement important pour appréhender les effets du changement climatique. Ce poste vise à appréhender les questions de recherche suivantes : 

- Comment intégrer dans les modèles de dynamiques épidémiologiques des facteurs spatiaux dans un environnement évolutif afin de comprendre leurs effets ? 

- Comment optimiser l'allocation des moyens pour la surveillance et la gestion ? 

Les questions de recherches identifiées font appel à des méthodes de modélisation de type bayésien permettant d'intégrer dans un même cadre mathématique des données de nature, de résolution spatio-temporelle et de sources différentes. 

 Le chercheur sera intégré dans une équipe pluridisciplinaire au sein du pôle PRISM de l'UMR PHIM (Plant Health Institute Montpellier). Le pôle PRISM développe des approches statistiques et mathématiques basées en grande partie sur des observations de terrain, permettant d'identifier les interactions les plus importantes entre les micro ou macro organismes (pathogènes, insectes ravageurs, vecteurs et pollinisateurs), leur plante hôte et leur environnement et de prédire la dynamique temporelle des dégâts. Ces recherches ont pour objectif de mieux évaluer les risques, optimiser la surveillance et les moyens de contrôle des bio-agresseurs. Le chercheur sera amené à développer des modèles statistiques et outils méthodologiques permettant d'intégrer les connaissances en dynamique des populations, écologie spatiale et fonctionnement des écosystèmes acquises par l'unité. Il publiera à la fois dans des revues méthodologiques (épidémiologie, bayésien) et dans des revues thématiques. 

 Pour commencer, le chercheur sera impliqué dans le projet Européen « COCOA4FUTURE ». Le chercheur sera en charge de construire un modèle permettant de comprendre et simuler la dynamique spatio-temporelle de la cochenille vectrice du CSSV (Cocoa Swollen Shoot Virus disease, un virus affectant le cacaoyer). Le modèle prendra en compte des facteurs climatiques, la structure et composition des parcelles et de leurs environnements pour étudier entre autres les effets barrières. Ces activités seront développées en étroite collaboration avec des collègues entomologistes et virologistes de PHIM inclus dans le projet et des partenaires africains. Des moyens (missions, co-encadrement de doctorant) sont prévus dans le cadre de ce projet. 

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