Agreenium agit dans un cadre partenarial ouvert aux plans scientifique et académique aux universités et aux regroupements, aux alliances de recherche et aux réseaux privilégiés de collaboration de chacun de ses membres. En 2018 et en 2019, conformément aux orientations de ses membres, Agreenium a signé des conventions de partenariat avec plusieurs universités françaises. Les partenariats peuvent porter sur la mise en visibilité des formations, la participation aux groupes de travail d'Agreenium, l'organisation et/ou la participation à des événements croisés, la réponse à des appels à projets, la production de ressources numériques.