La station d'hydrobiologie lacustre de Thonon est implantée sur les rives du lac Léman. Historiquement, les recherches ont d'abord porté sur le suivi de la qualité des eaux lacustres et en particulier sur les processus écologiques associés à l'eutrophisation des milieux limniques. Le laboratoire est depuis 2002 constitué en Unité Mixte de Recherche avec l'Université de Savoie.
Son champs de recherche s'est élargi et comprend :
Toutes les recherches sont développées dans le contexte des grandes problématiques environnementales, en particulier celles relative à la biodiversité et aux effets d'anthropisation des écosystèmes. L'unité constitue le laboratoire de référence pour le suivi, à long terme, physico-chimique et biologique des plans d'eaux à forte stratification et faible vitesse de renouvellement (observatoires grands lacs). Les collectivités territoriales (lacs d'Annecy et du Bourget) ou internationales (CIPEL pour le lac Léman) développent leurs programmes d'action à partir de ces suivis et de leurs interprétations (aide à la décision publique). L'UMR représente aussi un pôle d'expertise en ce qui concerne la gestion environnementale du phosphore, la gestion piscicole et les blooms de cyanophycées.
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